Khi mới thành lập, Phương Nam quân chỉ có Sư đoàn 14 và các lữ đoàn hỗn hợp độc lập số 49 và 53. Khi bắt đầu tham chiến trong Chiến tranh Thái Bình Dương, biên chế của Phương Nam quân như sau:

• Phương diện quân Miến Điện ở Miến Điện
• Phương diện quân 7 ở Mã Lai, Singapore và Sumatra
• Phương diện quân 14 ở Philippines
• Phương diện quân 18 ở Thái Lan
• Tập đoàn quân số 2 ở Indonesia
• Tập đoàn quân số 18 ở New Guinea và quần đảo Solomon
• Tập đoàn quân số 37 ở Borneo
• Tập đoàn quân số 38 ở Đông Dương
• Tập đoàn quân không quân số 3
• Tập đoàn quân không quân số 4
• Một số lữ đoàn hỗn hợp độc lập